BioWorks 3.3軟件

見描述

BioWorks3.3.1是一款最新發(fā)行的，用于蛋白質成分識別和定量分析的工業(yè)化標準軟件。其特點是它應用了一種在科學文獻中最常被使用的尋找蛋白質的算法，即SEQUEST查找算法。

BioWorks簡化了與ETD數(shù)據(jù)的結合使用，提高了軟件性能。BioWorks3.3.1現(xiàn)在包括：n  為快速方便地查找到ETD數(shù)據(jù)而采用了ETD預處理n  引入Mascot數(shù)據(jù)，并把SEQUEST和Mascot兩種數(shù)據(jù)結果作比較n 為定量分析做PepQuann  SEQUEST中采用基于概率判定得分的算法n  更多的查找前及查找后篩選程序n 匯報功能增強

SEQUEST是一種靈敏度非常高的查找算法，它能夠確保在查找過程中沒有重要的蛋白質成分被遺漏。通過把實驗得到的串連質譜（MS/MS）數(shù)據(jù)與標準數(shù)據(jù)庫中的蛋白質和DNA數(shù)據(jù)作比較，SEQUEST自動地識別出各種蛋白質。SEQUEST根據(jù)被分析的多肽的質譜信息，測定出氨基酸序列，從而確定蛋白質的組成。對蛋白質混合物的某單個譜圖，以及多肽的整幅LC/MS/MS液相質譜圖，SEQUEST都能夠自動地分析。SEQUEST獨有的“互相關”鑒別算法能夠提取有用信息，正確地識別蛋白質，即使物質的濃度很低產(chǎn)生的信號很微弱也可以。這一點在蛋白質樣品量少而信噪比又低的時候非常有用。SEQUEST是為在由LTQ Orbitrap和LTQ FT組合系統(tǒng)中對多肽和蛋白質進行精確的質譜分析而設計的。BioWorks3.3.1中的SEQUEST具有準確的預報功能和精確的質量誤差極限，能夠更快更準確地測定多肽的組成，可靠性也更高。    

我們這種基于概率判定得分的算法更嚴謹，靈敏度高于所有傳統(tǒng)的SEQUEST。該算法也使得BioWorks能區(qū)分和排序SEQUEST采樣結果，使用者不用擔心假陽性結果的產(chǎn)生，可以靈活地獲取得到的所有結果。       

BioWorks3.3.1是特別為使用了ETD的Thermo Scientific LTQ XL設計的。由于BioWorks擁有ETD前處理功能，用戶們可以處理由不同蛋白酶產(chǎn)生的多肽，同時確信SEQUEST能夠快速，簡單，可靠地處理數(shù)據(jù)。       

BioWorks3.3.1還支持用戶在一輪SEQUEST查找結束后，把Mascot結果輸入到BioWorks表格。這樣可以方便用戶比較這兩種查找算法的結果，也很容易輸出數(shù)據(jù)。         PepQuan是BioWorks定量分析的特色模塊。在對各種蛋白質和多肽的豐度做快速的半定量分析時，PepQuan結合PQD或HCD可以進行iTRAQ分析，還可進行SILAC分析，ICAT分析以及面積/高度計算。其中，基于質譜的算法與Xcalibur軟件中的ICIS峰查找功能結合了起來。BioWorks3.3.1中的Quan View還能夠更好地查看和輸出定量分析的結果。

BioWorks3.3.1支持用戶創(chuàng)建一個統(tǒng)一格式的查找結果文件(.SRF)，但用戶也可以選擇傳統(tǒng)的SEQUEST DTA 和 OUT文件格式。新的SRF文件是一種獨立的二進制文件，所有信息可以都儲存于一個獨立的文件，從而簡化并加快了數(shù)據(jù)的存取。這種文件格式，再加上軟件里的其他一些更新，使得SEQUEST的運行速度顯著加快。

BioWorks3.3.1的結果排布使用戶能夠更詳細地查看對蛋白質和多肽的分析結果。軟件具有從列表中篩選，分類，合并以及刪除蛋白質的功能，互動性更強。篩選功能包括查找前篩選和查找后篩選。查找前篩選可以去除查找過程中不需要的譜圖，當?shù)鞍踪|和多肽數(shù)量多時減少查找時間，而查找后篩選可以讓使用者只關注自己感興趣的蛋白質。Display Ions的功能也被改進，具有更好的清晰度和縮放性。

BioWorks不僅能對單個SEQUEST查找結果做出SEQUEST 摘要，還能在查看多個SEQUEST查找結果時給出MultiConsensus報告，或者在比較兩種不同查找方法的差異時給出液相運行和蛋白質概況比較。             BioWorks3.3.1設計了更加簡便的數(shù)據(jù)輸出和記錄模式。BioWorks里的譜圖和表格能夠快速簡便地轉移到Microsoft Office文件里面，方便用戶提交報告，投入應用和其他交流。BioWorks3.3.1里的Protein Report，可從查找結果中輕松地打印數(shù)據(jù)，還可把適當?shù)男畔?chuàng)建為一個PDF文檔。從屏幕上獲取數(shù)據(jù)并輸入進一個文檔，這件事從來沒有如此的簡單過。

BioWorks3.3.1軟件還具有下列特點：n 與HUPO MzData格式兼容n 準確的質譜SEQUEST查找功能具有新特點n 數(shù)據(jù)庫反向查找n 蛋白質和多肽比較功能n 優(yōu)化的SEQUEST批量查找n 還有更多…